保護対象としてルートドメインとwwwドメインがありますが、２つでカウントされますか。

ルートドメインとwwwドメインを合わせて1つにカウントしております。

ルートドメイン登録時にwwwドメインも同時に登録されます。

もし、wwwドメインのみの登録をご希望の場合は、コンソールの設定で入力・調整して頂けますので、wwwのみの登録も可能です。